木棉书院的主要职能是：培养自尊、自信、自立、自强、具有性别意识的新时代女性，培育女大学生正确的婚恋观、生育观、家庭观；对学生进行家庭家教家风教育。木棉书院下设三个教研部，主要承担女性学、家庭教育、职业指导相关学科建设任务，并同时负责河南省法学会婚姻家庭法学研究会秘书处的相关工作。

1.性别教育。主要任务是树立正确性别意识，自觉践行男女平等基本国策，为三观、三家教育打下扎实的基础。

2.家庭建设。主要任务是在性别平等意识的基础上，培育正确的婚恋观、生育观、家庭观，进行家庭家教家风教育。